馬耳他國家水族館有 52 個水族箱，包括爬行動物、昆蟲和兩棲動物，以及地中海魚類，包括馬耳他水域中常見的魚類，以及馬耳他群島周圍海域中可以找到的歷史文物。 水族館內的主水箱直徑為 12 米，設有一條步行隧道，讓遊客可以更近距離地觀察魚類。這裡棲息著多種印度太平洋動物，包括黑鰭鯊、斑馬鯊、鰩魚和其他外來物種。 水族館採用標誌性的弧形貝殼結構，類似海星的貝殼。鄰近的海濱長廊為行人提供額外的休閒設施，其中包括兒童遊樂區。